En Colima existen 15 tipos de vegetación, de los cuales la selva caducifolia (que pierde casi la totalidad de sus hojas verdes en época de secas), es la de mayor distribución principalmente en los municipios de Ixtlahuacán, Colima, Tecomán y Manzanillo; seguida de la selva mediana, y los bosques de pino-encino, que hay en Minatitlán, Comala y Cuauhtémoc, de acuerdo a la serie IV de vegetación y uso de suelo de la Comisión Nacional para el conocimiento y uso de la Biodiversidad (Conabio).
Respecto al estado de conservación, los manglares son el tipo de vegetación más conservada debido a que están constituidos por especies protegidas, a pesar de que en muchas ocasiones se ha permitido su tala para desarrollos costeros, como los realizados por la Administración Portuaria Integral y la Terminal de Gas Natural Licuado de Manzanillo. Sin embargo, las selvas son las que han sufrido mayor afectación en el estado, ya que un 65% del territorio de Colima ha sido trasformado para fines de agricultura y urbanismo.
La vegetación que presenta poco grado de perturbación y que puede estar sujeta a restauración constituye un 26.5% de la entidad, por lo que de acuerdo a los datos de Conabio tan sólo un 8.5% de la cobertura forestal de Colima se encuentra en buen estado de conservación. Esta situación es crítica debido a que el estado se encuentra en una región de alta diversidad biológica y de especies de flora y fauna que sólo se encuentran en esta zona debido a su compleja topografía, ya que aquí convergen la Sierra Madre Occidental, Sierra Madre del Sur y Eje Neovolcánico Transversal.
La gran deforestación que ocurre en el país responde también a la poca planeación del aprovechamiento de la biodiversidad, pues la gente que habita en medios rurales, aunque generalmente es consciente de la importancia de conservar los bosques, muchas veces no conoce alternativas que sean redituables para su subsistencia y por lo tanto recurren a la tala. Esta situación está ligada a la acelerada pérdida del conocimiento ecológico tradicional y a la imposición de los modelos de desarrollo capitalista y corrupción que ocurren el país.
Centrar los esfuerzos en la restauración de los bosques podría mejorar la situación de ecosistemas amenazados y también podría mejorar los medios de vida de las comunidades. De acuerdo con un estudio de percepción ambiental realizado por la Universidad de Colima, en general existe noción por parte de la población de que la correcta aplicación de las normas, la reforestación y su cuidado es la principal medida para la lograr conservar los bosques, sin embargo muchos consideran que la planeación de éstas no es efectiva y no considera un apoyo económico a la mayoría de la comunidades.
Es necesario que los ayuntamientos y juntas municipales incrementen su participación en la reforestación y no sólo las instancias federales. De acuerdo a este estudio, existe poco conocimiento respecto la importancia de las Áreas Naturales Protegidas para el resguardo de la biodiversidad, de las cuales existen pocas en las zonas altas del estado, y ninguna federal en las regiones costeras en las que existe selva caducifolia y humedales, ecosistemas altamente amenazados y de gran biodiversidad.
Asimismo, en general existe desconocimiento sobre las Unidades de Manejo Ambiental (UMA’s) que, bajo estrictas normas, son una herramienta para el aprovechamiento sustentable de especies y que pueden proveer a las comunidades rurales de beneficios económicos a la vez que cuidan de su entorno. Por lo que también es urgente un mayor involucramiento de la investigación y divulgación de la ciencia a la vez de la implementación de políticas públicas con perspectiva ambiental, para que los resultados apoyen al desarrollo cultural, social, y económico de las comunidades del estado.